Según el decreto que reglamentó el funcionamiento de esta institución formativa, toda actividad académica incluirá estos temas en su planificación, implementación y evaluación.

El Gobierno reglamentó la organización y el funcionamiento del Centro de Formación Penitenciaria (CEFOPEN), orientado a la formación en políticas penitenciarias. Este centro depende del Instituto Nacional de Rehabilitación. Cubrirá la formación de todo el personal que cumpla tareas penitenciarias.

La institución coordinará los procesos de formación, perfeccionamiento, especialización y evaluación académica, tanto del personal dependiente del Instituto Nacional de Rehabilitación como de todos los funcionarios que cumplan tareas en una dependencia de esa entidad. También desarrollará propuestas acerca de políticas educativas sobre el ámbito penitenciario y generará variantes para la carrera funcional.

Sobre la formación que recibirán los estudiantes, el reglamento explicita que deberá responder a los fines de la legislación vigente en materia penitenciaria a nivel nacional e internacional, al régimen penitenciario y a los planes y programas aprobados.

A esto se suma la formación en derechos humanos, género y diversidad, ética, tratamiento y régimen de vida y salud integral. Estas temáticas estarán comprendidas como componentes formativos transversales, serán programas, temáticas o puntos destacados de toda actividad académico-formativa.

Además de las funciones académicas, el Centro de Formación Penintenciaria podrá ofrecer otros servicios a usuarios externos, como cursos especiales, proyectos de investigación relacionados con aspectos penitenciarios encomendados por otras organizaciones, planificación de actividades sobre la temática, distribución de publicaciones propias, cesión del local para actividades educativas o sociales.

Estará liderado por una dirección, tres coordinaciones —académica, estudiantil y administrativa—, tres unidades de dirección —gestión y planeamiento educativo, comunicación y articulación organizacional—, seis unidades académicas —formación, acompañamiento y evaluación curricular, orientación en gestión administrativa, relaciones públicas, mediateca, documentación y publicaciones, extensión e investigación penitenciaria-pedagógica—, unidades administrativas, una unidad estudiantil, un consejo asesor y un consejo académico.